Nieuw bij DGZ Labo: Whole Genome Sequencing van bacteriën
Vanaf vrijdag 6 december 2024 biedt DGZ Labo Whole Genome Sequencing (WGS) van bacteriën aan. Met deze techniek wordt het volledige genetische materiaal (genoom) van een bacterie in kaart gebracht. Dit maakt het mogelijk om te identificeren welke bacterie aanwezig is en welke genetische eigenschappen, zoals antibioticaresistentie, deze bacterie bezit. Ontdek meer over deze nieuwe analyse in dit nieuwsitem.
Het diergeneeskundig labo van DGZ biedt nu de mogelijkheid om het volledige genoom van bacteriën te sequeneren op basis van een bacteriële cultuur of een stam waarvoor bewaring werd aangevraagd, en dit voor alle diersoorten.
Wanneer is WGS nuttig?
In de volgende gevallen is het aangeraden om WGS te doen:
- Moeilijke identificatie van bacteriën. Soms is het lastig om bepaalde bacteriën te identificeren met standaard laboanalysemethoden zoals MALDI-TOF of biochemische testen. Dankzij WGS kunnen we steeds de juiste bacterie identificeren, omdat het volledige genoom geanalyseerd wordt.
- Inzicht in antibioticaresistentie. Bij bacteriën die moeilijk of traag te kweken zijn in het labo, is het vaak niet mogelijk om een klassiek antibiogram te maken. Met WGS krijg je gedetailleerde informatie over de antibiotica waartegen de bacterie resistent is.
- Vergelijken van kiemen bij uitbraken. Wanneer er op verschillende tijdstippen uitbraken plaatsvinden op een bedrijf, kan WGS helpen om de veroorzakende bacteriën met elkaar te vergelijken. Zo kun je vaststellen of dezelfde bacterie herhaaldelijk problemen veroorzaakt, of dat er een nieuwe bacterie is geïntroduceerd. Zo kan een bacterie dezelfde eigenschappen vertonen, maar toch een ander genotype (DNA van een bacterie) hebben. Met pathotypering via PCR kan het genotype niet worden vastgesteld, waardoor het niet altijd zeker is of er sprake is van de introductie van een nieuwe bacterie.
- Inzicht in virulentiefactoren. WGS levert ook informatie over de virulentiefactoren van een bacterie, namelijk de eigenschappen die bepalen hoe ziekmakend de bacterie is. Een voorbeeld van een virulentiefactor zijn de eiwithaartjes (fimbriae) op het oppervlak van een bacterie, waardoor de bacterie zich kan vasthechten aan de darmwand.
- Typering van pathogenen. Bij belangrijke ziekteverwekkers zoals Salmonella en E. Coli kan WGS meteen het type van de bacterie vaststellen, wat helpt bij de gerichte behandeling en preventie. Zo kan bijvoorbeeld het juiste vaccin gekozen worden.
Vraag nu jouw analyse aan
Binnen de 5 werkdagen na het ontvangen van het resultaat van de bacteriële cultuur of op een stam waarvoor bewaring werd aangevraagd, kan (bijkomend) WGS worden aangevraagd. De kostprijs bedraagt € 295 (excl. BTW en verwerkingskost) en heeft een doorlooptijd van 20 werkdagen.
Waarop kun je WGS laten uitvoeren?
- Een bacteriële cultuur. De bacteriële cultuur kan worden aangevraagd via het aanvraagformulier voor de desbetreffende diersoort. De kostprijs bedraagt € 22,09 (excl. BTW en verwerkingskost) en heeft een doorlooptijd van 5 werkdagen. Je kunt WGS aanvragen door te reageren op de e-mail waarin je het beproevingsverslag van de cultuur hebt ontvangen, of door dit aan te kruisen op het aanvraagformulier voor de cultuur als je al zeker weet dat je WGS wilt laten uitvoeren.
- Een stam waarvoor bewaring werd aangevraagd. De kiem wordt uit bewaring gehaald en opnieuw opgekweekt. Dit kan worden aangevraagd via het aanvraagformulier voor de desbetreffende diersoort. De kostprijs bedraagt € 50,00 (excl. BTW en verwerkingskost) en heeft een doorlooptijd van 5 werkdagen. Je kunt WGS aanvragen door te reageren op de e-mail waarin je het beproevingsverslag van de kiem hebt ontvangen, of door dit aan te kruisen op het aanvraagformulier van de kiem als je al zeker weet dat je WGS wilt laten uitvoeren.
Meer weten?
Je kan met jouw vragen steeds terecht bij onze helpdeskmedewerkers via helpdesk@dgz.be of het nummer 078 05 05 23.